La bahía es reconocida mundialmente por ser uno de los sitios de destino de la migración estacional de poblaciones de la ballena jorobada, la cual arriba a sus aguas cálidas y  calmadas para criar a sus ballenatos, con fines reproductivos del 15 de Julio al 15 de Octubre.

El área protegida es el resultado  de un trabajo  coordinado entre Parques Nacionales Naturales de Colombia, como autoridad ambiental, y los cinco consejos comunitarios: La Plata – Bahía Málaga, Ladrilleros, Juanchaco, La Barra y Puerto España – Miramar.