En los recorridos naturales podrías encontrar 17 especies de mamíferos, 13 murciélagos. También monos como el fraile, capuchino y 1 tipo de oso perezoso del Sur y Centro América. 14 especies de anfibios, 56 especies de reptiles y 148 especies de aves.

Cada año las ballenas jorobadas viajan 5.000 km para llegar a las costas Colombianas y tener a sus crías y Gorgona es un sitio predilecto para la observación del 15 de julio al 15 de octubre de cada año.

Una actividad muy demandada es el careteo, los lugares para realizar esta actividad son Yundigua y el antiguo muelle entre otros sitios y en sus arrecifes puedes encontrar pargos, jureles, bravos, barracudas, tiburones chernas, 78 especies de caracoles, 2 de pulpos, 5 clases de estrellas de mar, 50 de cangrejos y 85 de peces.